Upravno vijeće čine istaknuti znanstvenici i stručnjaci. Ministar znanosti, obrazovanja i sporta na temelju javnoga poziva predlaže Vladi Republike Hrvatske imenovanje predsjednika i članova Upravnoga vijeća Centra. Vlada Republike Hrvatske je 7. studenoga 2013. godine donijela Rješenje o imenovanju predsjednika i članova Upravnoga vijeća Centra.
Članovi Upravnog vijeća:
- prof. dr. sc. Petar Bezinović, predsjednik
- prof. Dario Budimir, član
- prof. Tanja Djaković, prestao joj je mandat u 2015. godini jer je imenovana državnim dužnosnikom
- prof dr. sc. Željko Jozić, član
- prof. dr. sc. Hrvoje Kraljević, član
- mr. sc. Ninoslav Šćukanec, član
- dipl. ing. Tihomir Tomčić, član