Centrom upravlja Upravno vijeće.
Poslovodni i stručni voditelj Centra je ravnatelj.
Upravno vijeće
Predsjednika i pet članova Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske iz reda istaknutih znanstvenika i stručnjaka, na prijedlog ministra nadležnog za obrazovanje, a na temelju javnog poziva koji objavljuje Ministarstvo. Predsjednik i članovi Upravnog vijeća imenuju se na četiri godine.
Vlada Republike Hrvatske je 30. prosinca 2021. godine donijela Rješenje o imenovanju predsjednice i članova Upravnog vijeća Nacionalnog centra za vanjsko vrednovanje obrazovanja s danom 12. siječnja 2022.
Članovi Upravnog vijeća:
- dr. sc. Jasna Kudek Mirošević, predsjednica
- dr. sc. Željko Jozić, član
- Antonija Mirosavljević, članica
- Suzana Hitrec, članica
- Zlatko Stić, član
- Ivana Bašić, članica
- Vanja Petričević, članica, predstavnica radnika
Ravnatelj
Vinko Filipović, prof.
Ustrojstvene jedinice Centra su sektori, službe i odjeli.
Sektor općih, pravnih i računovodstvenih poslova
Služba općih poslova
Odjel za administrativne poslove
Odjel za izdavaštvo
Odjel za svjedodžbe i kvalifikacije
Odjel za informacijsko-računalne poslove
Služba pravnih i računovodstvenih poslova
Odjel za pravne poslove
Odjel za računovodstvene poslove
Sektor za istraživanje i vrednovanje
Služba za provedbu i organizaciju državne mature
Odjel za predmetne koordinatore
Odjel za organizaciju državne mature
Služba za istraživanje i razvoj
Odjel za nacionalne ispite
Odjel za istraživanje
Služba za međunarodno vrednovanje obrazovanja