Ustrojbene jedinice Centra su službe i odjeli.

Ustrojeni odjeli i službe osiguravaju učinkovito i kvalitetno djelovanje Centra.

Služba općih poslova i odnosa s javnošću osigurava pravnu, stručnu i administrativnu potporu Centru i predstavljanju aktivnosti Centra u javnosti.

Istraživačko-razvojni odjel se bavi istraživanjima u području edukacijskih mjerenja, razvojem i konstrukcijom testova. Zapošljava stručnjake specijalizirane u području psihometrije (psihologe, matematičare, statističare, itd.).

Informacijsko-računalni odjel bavi se vođenjem baze podataka i evidencija, obradom podataka, razvojem programske podrške za statističke i psihometrijske analize te sustavom zaštite baza podataka.

Odjel za izdavaštvo obavlja poslove vezane uz pripremu i tiskanje povjerljivih ispitnih materijala, objavljuje ispitne kataloge i priručnike kojima se nastavnicima i učenicima pomaže pri pripremanju ispita te objavljuje relevantne informacije o djelovanju Centra.

Odjel za organizaciju i provođenje ispita osigurava distribuciju testova u ispitne centre u kojima se provode ispiti. Rad ovog odjela uključuje i komunikaciju s ispitnim koordinatorima i školskim ispitnim povjerenstvima, ustroj mreže ispitivača i ocjenjivača, učitavanje ispitnih materijala optičkim čitačima i pripremu baza podataka za statističke analize.

Odjel za svjedodžbe i kvalifikacije nakon provjere rezultata ispita izdaje potvrdu o položenim ispitima, svjedodžbu ili diplomu.

Odjel za promicanje kvalitete obrazovanja bavi se analizom rezultata testiranja i ispitivanja i na temelju toga predlaže konkretne postupke za otklanjanje nedostataka i unaprjeđivanje kvalitete rada škola. Ima savjetodavnu ulogu i tijesno surađuje sa školama, potiče njihovo samovrednovanje i razvojne planove. Po potrebi surađuje sa znanstvenim i odgojno-obrazovnim ustanovama.

Financijska služba obavlja poslove i zadatke povezane s financijskim poslovanjem Centra.

Služba osiguranja tajnosti podataka vrši fizičku zaštitu prostora Centra i održava sustav za potpunu zaštitu tajnosti svih dokumenata i podataka nužnu za regularno odvijanje svih djelatnosti Centra.